Program Studi Pendidikan Bahasa Jepang FKIP Universitas Riau berdiri pada tanggal 6 Mei 2005 dengan nomor SK pendirian 1336/D/T/2005. Bermula dari keinginan Rektor saat itu Prof. Dr. Muchtar Ahmad (salah seorang alumni Jepang terkemuka di Riau), dan alumni-alumni Jepang di Universitas Riau berkoordinasi dengan Dekan FKIP yang saat itu dijabat oleh Drs. Isjoni, M.Si, dibentuklah pada tahun 2004 sebuah kepanitiaan persiapan pendirian Program Studi Pendidikan Bahasa Jepang. Persiapan tersebut sempat tertunda selama satu tahun, dan pada awal tahun 2005 rencana pendirian tersebut kembali diajukan dan pada tanggal 6 Mei 2005 Program Studi Pendidikan Bahasa Jepang secara resmi berdiri.
Penyelenggaraan Program Studi dimulai pada tahun yang sama, tepatnya tahun ajaran 2005/2006 yang diawali dengan program non reguler. Saat itu hanya 12 orang calon mahasiswa yang mendaftar, dan 9 di antaranya yang kemudian mendaftar ulang dan resmi menjadi mahasiswa pertama Program Studi Pendidikan Bahasa Jepang Universitas Riau. Program Studi Pendidikan Bahasa Jepang saat itu diketuai oleh Hana Nimashita.
Setelah tahun pertama, Program Studi Pendidikan Bahasa Jepang tidak lagi menyelenggarakan program non reguler. Sampai saat ini telah tercatat 654 mahasiswa yang telah mengikuti perkuliahan di Program Studi Pendidikan Bahasa Jepang Universitas Riau dan 211 orang di antaranya telah lulus dan bekerja pada berbagai sektor pekerjaan (Feb 2023). Sekitar 60% dari lulusan saat ini bekerja sebagai tenaga pendidik bahasa Jepang terutama di sekolah-sekolah yang menyelenggarakan bahasa Jepang seperti SMA dan SMK.